CICESE tiene una amplia gama de áreas de investigación, siendo una de las principales la relacionada a la oceanografía (Física, química, biológica y geológica). Con la adquisición del B/O Francisco de Ulloa en 1992, su entrada en servicio en 1993, los 303 cruceros oceanográficos realizados a bordo de este buque, que inició su vida como un atunero de vara para ser reconvertido a lo que fue su principal vocación por veinte años, CICESE tuvo una plataforma para realizar los muestreos requeridos por sus proyectos. Sin embargo, como CICESE y sus investigaciones y proyectos han crecido de manera sustancial, las instalaciones del B/O Francisco de Ulloa ya eran insuficientes para albergar una cantidad mayor de personal y equipo de mayores dimensiones, requerido por algunos proyectos para muestreos muy especializados. Por ello, desde 2011 se inició la búsqueda de una embarcación de mayores prestaciones que pudiera reemplazar al noble Francisco de Ulloa.

En 2011, se solicitó al Comité del Buque Oceanográfico (CoBO) que trabajara en la determinación de especificaciones adecuadas de un buque que pudiera reemplazar al B/O Francisco de Ulloa. Dicho comité se conforma de varios usuarios habituales del buque oceanográfico, aparte de personal del DEO, y con la ayuda de todos se llegó a un prototipo de buque que, idealmente, se podría conseguir para cumplir con las especificaciones que la mayoría de los investigadores deseaban. Sin embargo, el proyecto de construir una embarcación nueva resultaba exageradamente oneroso y fuera del alcance presupuestal del proyecto de reemplazo. Por ende, y teniendo como base el prototipo de buque alcanzado en el CoBO, se decidió emprender la búsqueda de un buque usado que fuera adecuado para ser modificado y apegarse lo más posible a ese prototipo, mientras estuviera dentro del alcance presupuestal establecido.

En una búsqueda exhaustiva, empleando para ello diversos medios (sitios Web, vendedores especializados de buques, consulta con astilleros, medios impresos, entre otros), y luego de encontrar algunas desilusiones en el camino, finalmente durante el último trimestre de 2012 se localizó el Buque Oceanográfico Alpha Helix, el cual se aproximaba a los requerimientos establecidos previamente por el CoBO. En base a eso, y luego de una inspección física realizada en el puerto de Chaguaramas, Trinidad y Tobago, en el mes de octubre de 2012, el CoBO sugirió a las autoridades de CICESE la adquisición de dicha embarcación, la cual se concretó luego de las negociaciones y trámites respectivos, en el mes de febrero de 2013.

Con el buque ya adquirido, inició el proceso de adaptación y remozamiento de varios espacios. Un buque de tal edad, aunque tenga su clasificación vigente, tiene muchos aspectos dignos de mejora. Igualmente, el buque no contaba con suficiente equipamiento científico a bordo, para lo cual fue necesario hacer la instalación del mismo, incluyendo modificaciones internas y adición de estructuras necesarias para este fin. A la par de estas adecuaciones se realizaron los trámites administrativos necesarios para la documentación legal del buque con su nueva nacionalidad mexicana. Finalmente, luego de varios meses de trabajo intenso, el buque quedó listo y fue puesto en servicio el día miércoles 9 de abril de 2014, realizando el crucero OMCENS con clave AH1404-001. Posteriormente, el viernes 30 de enero de 2015, se llevó a cabo la ceremonia oficial de abanderamiento, ante autoridades de los tres órdenes de gobierno y de CONACyT.

El Buque Oceanográfico Alpha Helix, botado en junio de 1965 y construído en los astilleros J. M. Martinac Shipbuilding Corp. en Tacoma, Washington, E. U. A., es un buque de investigación diseñado con un enfoque en muestreos biológicos, pensado para investigaciones árticas (cuenta con un casco más grueso, dobles fondos y cuadernas más cerradas en proa para resistir golpes con hielo) y solicitado por la National Science Foundation (NSF) de EE. UU. Este buque fue operado desde 1966 a 1980 por Scripps Institute of Oceanography, para luego pasar a ser operado por la Universidad de Alaska. En esta nueva etapa de su vida se realizaron varias modificaciones para poder realizar muestreos diversos y no limitados a los biológicos. La embarcación operó con la Universidad de Alaska hasta 2007, año en que fue vendida a Stabbert Maritime, un grupo de compañías que equiparon al buque y lo pusieron en servicio dentro de su flota de servicios de investigación en la iniciativa privada. Así mismo, le hicieron al buque algunas modificaciones basados en la retroalimentación de sus pasados propietarios, incluyendo la instalación de un bulbo en la proa del buque y de un sistema de aletas estabilizadoras en la obra viva del casco para brindar mayor comodidad y control del comportamiento marinero del mismo.